PPP基金作为政府投资基金，其运作遵循基金会、私募基金运作的一般规律，主要区别在于投资范围。目前各地方政府设立的 PPP 基金大多采用有限合伙企业形式（如河北的冀建启明基金）或公司制形式（如广东广联达科技创业基金），按照《中华人民共和国公司法》和有限合伙企业有关章程指引设立，通过投资顾问对 PPP 项目进行筛选和投资。
在具体的管理过程中，由于目前大多数 PPP 基金尚处在起步阶段，所以多由融资人所在地国资委等出资方代表和基金托管银行共同监督基金的投资过程以及结果；而在运营阶段则主要通过聘请专业的投资机构进行管理，确保项目的质量和投资的效率。
以河北省的冀建启明基金为例，该基金的初始总规模为10亿元，由河北省国有资产监督管理委员会和河北建龙钢铁有限公司与上海国盛产业基金管理有限公司、民生人寿保险股份有限公司、华宝证券有限责任公司和上海联创永晖投资有限公司共同发起设立，采取“7+3”的模式管理，其中国资部门代表占7个董事，其他4个董事由金融机构代表担任，并在基金合同中做出相关约定。
伏一萍优质答主当前PPP基金主要包括中央财政出资一部分，吸引民间资本和地方政府投资的中国政企合作投资基金、浙江省PPP产业投资基金、湖北省长江经济带产业基金、云南省PPP融资支持基金、内蒙古PPP融资支持基金、广西壮族自治区PPP融资支持基金、江西省重大PPP项目前期工作基金和产业投资基金、河北省PPP融资支持基金、新疆自治区重大工程项目投资基金等近二十只区域或者行业产业基金。
PPP基金作为政府投资基金，具有引导性、公益性、非盈利性和阶段参股、跟进投资、融资担保、绩效评价等特点，目前按照《政府投资基金暂行管理办法》（财预〔2015〕210号）实施管理。在实践中，还存在缺乏具体操作细则和实际案例，基金来源不足，规模不大，对社会资本的杠杆和放大效果不明显等问题。
可以考虑从以下方面规范和加强政府投资基金（PPP基金）的管理和运作，发挥政府投资基金的应有作用：
（一）逐步制定完善政府投资基金的管理运行的实施细则，包括基金的具体设立原则与程序、资金募集和投资方式（阶段参股、跟进投资、融资担保、绩效评价）、风险控制和激励机制、监督管理和绩效评价等，逐步建立规范的政府投资基金（PPP基金）管理体系，推动政府投资基金（PPP基金）规范发展和健康运行。
（二）在地方各级政府建立政府投资基金的原则上，应将管理权归属于政府性债务归口管理的财政部门（在财政部没有批准前，目前只能是财政厅一级可以设立政府投资基金），由财政部门或由其牵头负责统一设立、运作和管理政府投资基金（PPP基金），具体运作可以采取市场化方式，通过政府购买服务程序选择有资质的专业基金管理机构，设立基金管理公司进行运营管理，并明确政府投资基金的投向、投资要求、阶段参股、跟进投资、风险控制、融资担保等事项。在基金运营管理中，财政部门在出资范围内履行出资人职责，负责选择确定政府出资基金拟参股的项目或基金，以及制定政府投资基金章程、协议等法律文件，负责对政府投资基金实施管理和监督；由基金管理公司按照约定负责政府投资基金日常经营和管理，以委托贷款或者股权投资方式将政府投资基金投入使用，并对基金投入资金及其形成的资产及时进行财务核算和管理。在基金公司日常管理和运行中，财政部门作为政府出资代表，派员参加基金管理机构的公司经营管理，基金公司按照章程、协议等法律文件约定向财政部门报告政府出资基金经营和收益情况。
（三）在基金投资管理方面，应按照“政府引导、市场运作、科学决策、防范风险”的原则，根据国家产业政策和投资政策及其他国家宏观调控政策实施投资，可采用阶段参股、跟进投资、融资担保等股权投资方式运作，不得从事担保、抵押、委托贷款、房地产（包括购买自用房地产）等业务，不得投资股票、期货、企业债券、投资基金和其他金融衍生品及国家法律法规禁止从事的业务，不得对外提供担保和贷款，而且单个投资项目累计投资额度以不超过政府投资基金总规模的10%为宜。在风险控制方面，基金投资收益可按照市场化方式给予管理公司一定奖励，但不得向其他合作投资方承诺投资本金不受损失，不得承诺最低收益，不得对有限合伙制基金等任何级投资主体承担兜底责任，不得以任何方式增加政府债务和财政负担，以切实防范和控制基金投资风险。
（四）建立政府投资基金的有效激励和约束机制。在基金投资管理中，应按照“利益共享、风险共担”的原则和政府引导基金投资管理要求，明确划分政府出资人与社会出资人投资权益和投资风险，一般由社会出资人首先以其出资额为限承担投资项目投资风险，政府作为引导性出资人，可以在章程、协议、条款中约定，对于社会出资人投资回收资金达不到其出资本金的部分，由政府财政出资部分承担适当损失，以适当分担社会投资人的投资风险，激发社会投资人的投资积极性，吸引更多的社会资金投入政府鼓励类支持类项目。同时，建立有效的约束机制，在基金运营和投资管理中，除采取设立投资限制性条款、健全基金项目遴选机制、完善内部管理制度、加强财务监管、引入专业社会机构进行财务审计和业绩评估、严格基金的收益分配和到期终止清算、建立政府投资损失责任追究制度和风险责任分担制度等措施，并在章程协议条款中予以明确外，还应按照《政府投资基金暂行管理办法》规定，逐步建立政府投资基金绩效评价制度，并将绩效评价结果与政府投资基金的管理费（运营费）支付、政府投资收回等挂钩，形成有效的约束机制，切实防范投资风险，发挥政府投资基金的应有作用，提高基金投资效益。
